肛門連著小肚子疼可能是腸炎、尿路結石、細菌性痢疾等疾病引起，需到醫院檢查醫治。

一、腸炎：多由細菌感染導致，會使腸道出現炎癥反應。其主要癥狀除了肚子疼痛，往往還伴有腹瀉。治療上可配合醫生使用阿莫西林膠囊、蒙脫石散等藥物。阿莫西林膠囊能起到抗菌消炎作用，蒙脫石散可緩解腹瀉癥狀。

二、尿路結石：可由代謝異常或不良飲食習慣引發。結石會刺激尿道，從而引起小腹部疼痛。患者可通過多喝水以及多運動來促進結石排出。

三、細菌性痢疾：由志賀菌感染引起，且具有傳染性。治療可在醫生指導下服用阿奇霉素片、左氧氟沙星片等藥物。

此外，也可能是痔瘡、肛裂、潰瘍性結腸炎、腸道腫瘤等因素導致，應盡早就醫。總之，當出現肛門連著小肚子疼的情況時，要及時就醫明確原因，并采取針對性的治療措施。