三個月寶寶牙齦上有白點，原因主要包括以下幾方面：

一、口腔衛生不好。如果口腔衛生不佳，存在大量食物殘渣、偽膜等，就可能導致這種情況。

二、馬牙。孩子牙齦上的白點有可能是馬牙，通常會隨著年齡增長而逐漸脫落。

三、鵝口瘡。鵝口瘡又稱雪口病，是由口腔念珠菌感染引起的口腔黏膜炎癥，一般表現為頰黏膜、嘴唇內側、上腭等部位出現類似凝乳狀的白色膜狀物。

如果出現這種情況，可以通過以下方式緩解癥狀：

1.如果是母乳，母親需要在哺乳前用熱毛巾清洗乳頭；如果是人工喂養，奶瓶需要徹底煮沸，同時可以用小蘇打給孩子清洗口腔。

總之，當發現三個月寶寶牙齦上有白點時，要注意分辨原因，并采取相應的措施進行處理。如果情況持續或有異常變化，應及時就醫。