膽結石其成因十分復雜，與多種因素有關，如膽固醇與膽汁酸磷脂濃度比例失調、膽道感染、膽道梗阻等。

膽結石包括膽囊結石、肝外膽管結石和肝內膽管結石，三者的成因不盡相同，大概原因如下：

膽囊結石

膽固醇與膽汁酸磷脂濃度比例失調是導致膽囊結石形成的主要原因。另外，某些地區和種族的居民、女性性激素、肥胖、高脂肪飲食等都是膽囊結石的誘因或高發危險因素。此外，膽囊結石發病率可能與飲食習慣也有一定關聯。

肝外膽管結石

原發性結石形成誘因有：膽道感染、膽道梗阻、膽道異物如蛔蟲殘體、蟲卵、華支睪吸蟲等。繼發性結石主要是膽囊結石排進膽管并停留在膽管內有關。少數可能來源于肝內的膽管結石。

肝內膽管結石

其病因復雜，主要與膽道感染、膽道寄生蟲(蛔蟲、華支睪吸蟲)、膽汁淤滯、膽管解剖變異等有關。結石常呈肝段、肝葉分布，多見于肝左外葉及右后葉。