先天性膽道閉鎖必須進行手術治療，而且手術治療是唯一有效的辦法。手術應該在出生以后2個月進行，因為這時患者沒有發生不可逆性的肝損傷；如果手術時間過晚，患者已經發生膽汁性肝硬化，患者的預后極差。

手術方式可以選擇為膽囊或者肝外膽管與空腸行Roux-en-y吻合術；有一部分患者還可以行肝移植術，而且膽道閉鎖是兒童肝移植的主要適應癥，適用于肝內外膽管完全閉鎖、患者已經發生肝硬化和其他手術后無效的患兒。

術前要做充分的準備，重點是改善患者的營養狀況和肝功能，控制感染和糾正出血傾向，術后應該密切觀察患者的生命體征，防止水、電解質平衡紊亂，加強患者的營養支持，使用抗生素進行防治感染，及早的發現和治療各種并發癥。