膽總管結石在臨床上能夠作為篩選的首選檢查是腹部B超，肝膽B超，通常情況下B超能夠發現膽總管結石的概率為80%-85%，由于膽總管下端經常受到腸腔氣體的干擾，所以有時為了更好的進一步明確診斷，可以做上腹部的CT以及核磁共振，MRCP的檢查以了解膽總管結石的情況。

有少部分病人可能在CT上表現為陰性結石，還可通過有創的ERCP即經內鏡的逆行胰膽管造影，了解膽總管的情況。在上述的影像學檢查的同時還通過血液性的檢查，包括血常規中白細胞感染，肝功能中轉氨酶升高與膽紅素的升高，都可以提示膽總管疾病的改變。