北宋以前，武當山道教無明顯宗派區(qū)分。以其宗教行為而論，大體分為丹鼎派和符箓派。其明顯的門派區(qū)分，應自南宋和金元對峙之時開始。分屬全真、正一兩大道派的全真派、上清五龍派、正一派、清微派等，長期在武當山傳道授徒。這些道教派別雖然教義有別，但在尊崇真武這一點上是共同認可的，而且不同程度的融合是其主流。

　　全真派

　　亦稱全真教、全真道。與正一道同為元以后道教兩大派。金大定七年(1167年)陜西咸陽人王喆，即王重陽創(chuàng)立。主張三教合一。教旨以“澄心定意，抱元守一，存神固氣”為“真功”，“濟貧拔苦，先人后己，與物無私”為“真行”;功行俱全，故名全真。該派主要典籍有《道德清凈經(jīng)》、《船若心經(jīng)》、《孝徑》等。元至元十二年(1275年)汪思真來武當山五龍觀開山傳宗，授徒百余人。

　　正一派

　　亦稱正一道，是道教符箓各派的總稱。原為五斗米道，東漢末張陵所創(chuàng)，后尊張陵為天師，故亦稱“天師道”。唐宋以后，南北天師道與上清、靈寶等道派合流。元成宗大德八年(1304年)封張陵第三十八代后裔張與材為“正一教主”，總領三山符箓，即龍虎山、閣皂山、茅山。此后凡是道教的符箓各派統(tǒng)稱正一道。主要奉持《正一經(jīng)》畫符念咒、驅鬼降妖、祈福禳災等。該派漢末后傳入武當山，明代曾為武當山的主要道派。

　　上清派

　　東晉時創(chuàng)立。起初流傳于江南一帶。自陶弘景以后，該派主要在江蘇茅山地區(qū)活動，故亦稱“茅山宗”。上清派以《黃庭經(jīng)》為主要內修理論，稱《大洞經(jīng)》、《雌一五老寶經(jīng)》和《太上素靈大有妙經(jīng)》為“道者三奇”，奉元始天王、太上大道君、太微天帝君、后圣金闕帝君、太上老君等為高神。北宋時，武當山就有上清玉仙觀，但由于典籍湮沒，北宋以前上清派在武當山的傳承情況，無可考。南宋紹興十一年(1141年)茅山清真觀道士孫寂然登武當山，興復五龍諸觀廟宇，以上清五雷諸法傳授弟子，擅長符箓驅邪，遂形成“五龍之派”，該派以武當山五龍觀為主要傳授活動場所，所以也叫“上清五龍派。”

　　清徽派

　　是宋元民間影響較大的符箓派別，主要從上清派演化而來，自謂其符箓道法出于清微天元始天尊，故以清徽為名。張宇初《道門十規(guī)》稱：“清微自魏(華存)、祖(舒)二師而下，則有朱(洞元)、李(少微)、南(畢道)、黃(舜申)諸師，傳衍尤盛。凡符章經(jīng)道齋法雷法之文，率多黃(舜申)所衍”。宋元時期流行于南方。該派主要經(jīng)籍有《清微丹訣》、《清微齋法》、《清微仙譜》等，另有《道法會元》268卷，述及該派宗旨、道法、齋儀、戒律等，多出自黃舜申之手。可見，黃舜申為清微派之中堅及集大成者。黃舜申之后又分南支，熊道輝為首;北支以張道貴為首，并以武當山為傳播中心，授徒數(shù)百人。張道貴原師承汪貞常，為全真派道士，后與葉云萊、劉道明同師黃舜申，學成后返武當山授徒，并將清微之法傳于張守清。張守清本亦全真道士，師武當魯大宥。因此張道貴、張守清一系的北支當為全真與清徽的融合，名為“武當清微派”。張守清在二十余年中授徒四千人。元代中期以后，天一真慶宮、紫宵宮、太和宮等宮道士，多為張守清弟子。