1632陳司成《霉瘡秘錄》較早的梅毒專書。

　　1640張景岳《景岳全書》有關內科疾病的綜合性醫籍，包括理論、診斷、治療、各家論述評議、經驗、方劑等。是論述理論與臨癥各科診治的全書。

　　施沛《祖劑》收集明代以前方劑，并加以歸類　述。對古代方劑學有參考價值。

　　1642吳有性《溫疫論》創立「戾氣」學說，即現代有關細菌或病毒性傳染病學說，對傳染病的發展有突出貢獻。

　　李中梓《內經知要》《內經》精簡注釋

　　清 (公元1644 - 1911年)

　　1644傅仁宇《審視瑤函》記載眼科病證108證，308余方劑，附有插圖，又稱為《眼科大全》。

　　1665祁坤《外科大成》記有外科辨證論治要點與常用方劑。

　　1669柯琴《傷寒來蘇集》為《傷寒論注》《傷寒論翼》《傷寒附翼》合編本。

　　1670張志聰《黃帝內經素問靈樞集注》使《內經》的不少疑難問題得到闡明。

　　1682汪昂《醫方集解》一本應用較廣的方書。

　　1687趙獻可《醫貫》強調「命門之火」的重要，提倡溫補療法。

　　李用粹《證治匯補》收集了內科雜病的各家論述和經驗，共載80余種病癥的辨證論治。

　　1694汪昂《本草備要》介紹藥性專書，書中已明確地指出吸煙的禍害。

　　《湯頭歌訣》中醫方劑學重要入門書。

　　張璐《張氏醫通》醫學叢書，記載古今各科醫學知識，還介紹了接種人痘方法。

　　1695夏鼎《幼科鐵鏡》對兒科的推拿療法頗為重視，闡述了作者本人的經驗與見解;對于指紋望診及驚病的各種病證也提出不同的看法。

　　1697王宏翰《古今醫史》有關醫學史論述。

　　1723蔣廷錫《古今圖書集成》受命于清政府編輯的大型類書，內有《醫部全錄》520卷。

　　1729尤怡《金匱要略心典》對《金匱要略》進行校正、注釋和闡述，說理清楚。