起源時期與背景各異的傳統醫學均強調了解剖學知識，這說明人類在認識人體和疾病的過程中具有相當的一致性。中醫也不例外，《黃帝內經》中提及的臟腑初都是建立在解剖觀察基礎上的實體器官或組織。
與大約同時期的古希臘及古羅馬醫學的解剖知識相比，中醫僅僅對人體部分器官進行了粗淺的觀察而沒有形成系統的解剖學知識。其中的含混和錯誤比比皆是，如并不存在的三焦使中醫界2000年來爭吵不休;以十二經水附會出來的十二經脈更是成為中醫的笑柄。這一時期中醫的解剖學水平還處于低級的層面上，中醫對消化道長度的描述是唯一接近客觀事實的解剖學成就。
文藝復興以來，達芬奇完成了《人體構造》這一巨著，糾正了蓋倫的許多錯誤。此后，英國學者哈維創建了血流循環學說，并使生理學從解剖學中分離;意大利人馬爾匹基利用顯微技術創建了組織學;西班牙人卡哈則成為神經解剖學的創始人。
令人遺憾的是，中醫解剖學并沒有隨著時間的推移走上正確的道路。2000年過去了，中醫的解剖學知識仍然停留在《黃帝內經》的原始階段。其根本原因在于研究方法的錯誤，中醫在解剖學的研究上由直接觀察轉向了“司外揣內”、“以表知里”、“取象比類”等黑箱方法，基于“有諸內，必形諸外”的錯誤原則，以主觀揣測代替了實際觀察，從而拋棄了對實體直接觀察這一必須方法，使得中醫理論中幾乎沒有了結構實體，取而代之的是模糊不清的功能性臆想。
自《黃帝內經》始確立的藏象學說成為代替解剖學的獨特理論。明代張介賓對此解釋為：“象，形象也，藏居于內，形見于外，故曰藏象”。由于中醫不做解剖學觀察，所謂的“藏”無法確切定義和描述，只是為了附會“象”而存在的隨意性很強的模糊概念。藏象學說現在被用來掩蓋粗鄙的中醫解剖學知識，逃避現代解剖學揭示的客觀事實。
藏象學說建立在解剖學基本缺失的基礎上，這必然會導致其帶有濃厚的自然哲學色彩。恩格斯對自然哲學的評價是“用理想的、幻想的聯系來代替尚未知道的現實的聯系，用臆想來補充缺少的事實，用純粹的想象來填補現實的空白”。而中醫在解剖學上恰恰是未知的、缺少的、空白的，中醫理論在主觀臆想的驅使下走上了錯誤的道路。
