對于用五運六氣理論研究《傷寒論》，過去的研究不夠全面和深入，還沒有引起學者們的足夠重視。那么，張仲景在《傷寒論》里有沒有應用五運六氣理論呢?如果有，又是如何具體應用五運六氣理論的呢?張仲景用三陰三陽連接外感六氣和人體疾病，如第2條：太陽病，發熱，汗出，惡風，脈緩者，名為中風。第3條：太陽病，或已發熱，或未發熱，必惡寒，體痛，嘔逆，脈陰陽俱緊者，名為傷寒。第6條：太陽病，發熱而渴，不惡寒者為溫病。在這里張仲景用“太陽”連接外界的風、寒、火及人體的發熱、惡風、惡寒、體痛、嘔逆、渴、脈緩、脈緊等癥狀，只有五運六氣理論才有這些內容，于此可知，《傷寒論》創作的理論體系是五運六氣理論。

　　張仲景在《傷寒論·自序》說：“卒然遭邪風之氣，嬰非常之疾。”外感自然界的“邪風之氣”，人體才能得病，這內外的連接樞紐就是三陰三陽，既不是風寒暑濕燥火六淫(只片面指外邪)，也不是臟腑經絡或什么別的(只片面指人體)，只能是三陰三陽體系。

　　那么是不是能用五運六氣理論解釋《傷寒論》所有的條文呢?非也?！秱摗反蟛糠謼l文是講誤治后的變證，對于誤治后的變證，必須按誤治變證傳變規律治療，即仲景在第16條給出的“太陽病三日，已發汗，若吐、若下、若溫針，仍不解者，此為壞病……觀其脈證，知犯何逆，隨證治之。”

　　張仲景把五運六氣理論具體應用到《傷寒論》中的理論模式是“六經病欲解時”，“六經病欲解時”是張仲景創作《傷寒論》的大綱。

　　“六經病欲解時”是仲景創作《傷寒論》的大綱

　　我們研究發現，“六經病欲解時”是張仲景創作《傷寒論》的大綱，卻不被歷代傷寒注家重視，我們用“六經病欲解時”這把金鑰匙揭開了《傷寒論》的諸多奧秘，為正確解讀《傷寒論》鋪平了道路。“六經病欲解時”告訴我們，《傷寒論》理論根源于《內經》是不爭的事實。太陽、陽明、太陰、少陽四經分主一日或一年之四時，彰顯了《傷寒論》是以陰陽“時”為綱而六經為目。

　　張仲景《傷寒論》以陰陽“時”為綱，六經為目

　　張仲景在《傷寒論》中明確寫出六經病欲解時，就是以“時”為綱，任何疾病的發生發展都離不開“時”：9條：太陽病，欲解時，從巳至未上。193條：陽明病，欲解時，從申至戌上。272條：少陽病，欲解時，從寅至辰上。275條：太陰病，欲解時，從亥至丑上。291條：少陰病，欲解時，從子至寅上。328條：厥陰病，欲解時，從丑至卯上。

　　“六經病欲解時”是讀《傷寒論》的大綱，這是張仲景自己親筆創作的，劃分時的依據是太陽的運動。“欲解時”一語即道出其寫《傷寒論》一書所用“天人合一”之大法，而“天人合一”大法全在五運六氣之中。張仲景強調的“時”，不只是時間概念，還包括時空概念。